1.药物治疗
肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，这时可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取药物治疗暂时缓解症状。
（1）外治 用消肿止痛洗剂坐浴，外涂金黄膏。
（2）使用抗生素 急性发作期可以使用抗生素，但一般不要超过一周。
（3）中药内服 用萆薢渗湿汤加化毒除湿汤加减，伴发热用仙方活命饮。
2.手术治疗
（1）切开引流 肛瘘发作期合并感染，此时因身体其他因素不能手术，可以在感染灶表面切小口引流或注射器抽脓处理。这种方法效果立竿见影，但只是暂时缓解，日后还需再行根治手术。
（2）置管或挂线引流 对高位瘘或多瘘管的复杂瘘，没有把握手术，但为了防止病情加重或蔓延，可以在瘘管内放置引流管或引流条，每天药物冲洗，虽不能根治，但可以控制病情。
（3）肛瘘切开术 肛瘘最经典与最主流术式，90%以上低位肛瘘的治疗采用此方法。
（4）瘘管剔除术 对瘘管完全粘连、较细的低位肛瘘，探针无法探入，可以采用剔除术。
（5）主灶切开支管旷置术 适用于各种复杂性肛瘘。操作时首先要对主灶进行定位，及内口和肛管处的瘘管，这部分采取直接切开。对外口行扩创。打通外口与主灶间的瘘管，并放置引流条或引流管。术后7～10天左右拆除。
（6）挂线术 适用于高位肛瘘。挂线术是目前国内外治疗高位肛瘘的最主要方法。以线代刀行慢切割，在切断肛瘘管壁的同时，造成断端的炎症粘连，防止回缩，可以适当起到保护肛门功能的作用。但缺点是，疼痛明显，尤其是还需要二次紧线，疗程相对较长。
（7）双向等压引流术 适用于高位肛瘘和复杂性肛瘘。采取半切割挂线，可有效保护肛管的核心结构“肛直环”术中不被完全切断，在保证疗效的前提下，有效保护了肛门功能不受破坏。
（8）瘘管填塞术 考虑到切开和剔除术都会断开瘘管经过的肛门括约肌，国内外尝试采取一些特殊材料来填塞瘘管，可以不伤及肛门肌肉而治愈肛瘘。这些材料包括纤维蛋白胶、用冻干猪小肠黏膜下层脱细胞基质制作的生物修复栓等。本方法应用条件非常苛刻，瘘管完整、畅通，内外口清晰的低位瘘。术后填塞剂流出或出现感染，治疗将失败。目前尚不能作为一种替代疗法在临床广泛应用。
（9）Lift术 该术式是2007年Arun等提出，全称是1igationofintersphinctericfistulatract，中文意思是“括约肌间瘘管结扎术”，可用于低位瘘的治疗，优点是不切开瘘管，但治愈率低。作为对保肛术式的一种探索，由于无肛门失禁风险，文献报道的成功率14%～60%
（10）VSD负压封闭引流技术 负压封闭引流技术（vacuumsealingdrainage，VSD）是一种处理各种复杂创面和用于深部引流的全新方法。近年来国内外诸多学者将其应用于各种急慢性复杂创面的治疗取得了良好的效果。肛肠科近年来有些单位开始应用，效果有待进一步验证。高位肛瘘的治疗需要更多的探索，VSD技术在其他外科领域已取得良好效果，可以尝试在高位肛瘘、大范围的肛周脓肿治疗中应用。缺点是患者活动受限，肛门还要排便，这都给该技术在肛肠科的应用设置了障碍。
