惊厥可仅由于中枢神经系统的异常放电引起，但这种异常放电可由许多原发性颅内病变（脑膜炎，脑血管意外，脑炎，颅内出血，肿瘤）引起，或继发于全身性或代谢性（如缺血，缺氧，低血糖，低血钙，低血钠）疾病。新生儿惊厥的病因对诊断很重要，是进行特殊治疗和估计预后的关键，主要病因如下：
1.围产期窒息
围产期严重窒息可引起缺氧缺血性脑病，主要见于足月儿，其临床特点是意识障碍、张力减低和惊厥。惊厥多在生后12小时左右出现，开始为微小型发作，以后可出现强直性或多灶性阵挛性惊厥。此时常有颅压增高，窒息更为严重的后果是颅内出血。
2.产伤性颅内出血
由于接生技术提高近年来已逐渐少见产伤性颅内出血。因难产或产程延长而致头部物理性损伤使小脑幕或大脑镰撕裂，引起大量硬脑膜下腔出血，多见于体重较大的足月儿。通常在生后12～24小时出现神经系统症状，生后第2～3天出现限局性或多灶性阵挛型惊厥。
3.早产儿脑室周围-脑室内出血
主要由于室管膜下胚胎生发基质尚未退化，具有丰富毛细血管，对缺氧、酸中毒极为敏感，易出血。在一次严重窒息或缺氧后2～3天，临床症状突然恶化，神经系统症状在数分钟及数小时内迅速进展，表现为意识障碍、肌张力低下和呼吸节律不整，随着前囟膨隆或紧张，很快出现强制性或多灶性阵挛性惊厥，出血量多者在1～2天内死亡。
4.感染
以化脓性脑膜炎最多见，大多为生后感染，发病在生后1周以后。临床表现是非特异性的，惊厥在开始为微小型，以后变为强直性或多灶阵挛性。胎儿在宫内感染风疹、弓形虫和巨细胞病毒，可引起胎儿脑炎，若胎内病变持续至出生时，则生后即可出现惊厥。不合并脑膜炎的败血症也可引起惊厥，可能和心血管功能衰竭、血中电解质和葡萄糖代谢紊乱有关。
5.代谢异常
（1）低血糖：血糖<2.2mmol/L（40mg/dl）为低血糖。常见于糖尿病母亲的婴儿、小于胎龄儿、早产儿和有缺血缺氧及其他应激的新生儿。低血糖多发生在生后3天内，常同时有原发病存在，除惊厥外尚可表现为呼吸暂停、意识迟钝、肌张力低下和哺乳困难等。低血糖也可由于遗传代谢病，如：果糖不耐受症、枫糖尿病等引起。
（2）低血钙：定义为血清钙水平<1.8mmol/L。生后3天内起病的低血钙与低出生体重、窒息、母亲糖尿病等有关。生后1～2周发病的低血钙通常不伴有其他疾病，可能由于母亲维生素D不足、新生儿肾脏和甲状旁腺功能不完善以及牛奶喂养所引起的。
（3）低血镁：常与低血钙同时存在，也可单独发生。低血钙婴儿用足量钙剂治疗后惊厥仍持续存在时应考虑低血镁。
（4）高钠或低钠血症：高钠血症常因钠的过度负荷或脱水引起，低钠血症通常由于窒息、颅内出血或脑膜炎引起抗利尿激素分泌过多所致。
（5）先天性代谢紊乱：为少见的遗传代谢病，包括枫糖尿病、苯丙酮尿症、尿素循环障碍等。
（6）维生素B6依赖症：为遗传性犬尿氨酸酶缺乏，其维生素B6需要量为正常婴儿的5～10倍。
6.其他原因
撤药综合征、核黄疸、中枢神经系统畸形、色素失禁症等均可在新生儿期出现惊厥。
