慢性牙周炎的治疗目标首先应是彻底清除菌斑、牙石等病因刺激物，消除牙龈的炎症，使牙周袋变浅，并争取适当的牙周组织再生，而且要使这些疗效能长期稳定地保持。牙周治疗追求的是长期的功能、舒适和美观，而不仅着眼于治疗期间能保留的牙数。为达到上述目标，需要采取一系列按部就班的综合治疗。由于每位患者的病情不同，同一口腔内各个牙的患病程度、解剖条件、局部刺激因子的多少也各异，因此须针对各个患牙的具体情况，逐个制定相应的治疗计划，而且在治疗过程中根据患者对治疗的反应，及时对治疗计划进行补充和调整。
1.清除局部致病因素
无论患者属于哪种类型的牙周炎，有无全身疾病，清除牙面上的细菌堆积物------菌斑和牙石，是控制牙周感染的第一步治疗。机械方法清除菌斑是清除菌斑牙石最为有效的方法，是牙周治疗的基础。
龈上牙石的清除称为洁治术，龈下牙石的清除称为龈下刮治术，也称根面平整术，除了刮除龈下牙石外，还须将暴露在牙周袋内含有内毒素的病变牙骨质刮除，使根面光滑平整，以利于牙周支持组织重新附着于根面。
2.长期控制菌斑
清除了菌斑和牙石只是牙周治疗的第一步，尚不能保证牙周炎的长期疗效，因为菌斑在牙面上时刻不断地形成。因此在治疗前和治疗中，患者必须明确菌斑的危害，能坚持不懈地有效清除菌斑。
3.全身和局部的药物治疗
慢性牙周炎对洁治和刮治有较好的反应，大多数轻、中度患者在根面平整后，组织能顺利愈合，除非出现急性症状，一般不需使用抗菌药物。对一些炎症严重、肉芽组织增生的深牙周袋，在刮治后可适当地用药物处理袋壁。
4.手术治疗
基础治疗后2-3个月时，应复查疗效，若仍有5mm以上的牙周袋，且有些部位的牙石难以彻底清除，探诊仍有出血，则可考虑进行牙周手术，在直视下彻底刮除根面或根分叉处的牙石及不健康的肉芽组织；还可在术中修整牙龈和牙槽骨的外形、植骨或截除严重的患根等，通过手术改正牙周软硬组织的外形，形成一种有利于患者控制菌斑的生理外形。
5.建立平衡的咬合关系
重症牙周炎患者有松动移位的牙齿，可发生继发性咬合创伤，甚至缺牙。这些都需要咬合治疗来解决，如调磨牙齿消除咬合干扰；如果松牙不再继续加重，且无功能障碍，则不必作特殊处理；若松牙妨碍吃东西，且继续加重，则需加以固定。有些患者还可通过正畸治疗来矫正移位的牙齿。
6.拔牙
对于有深牙周袋、过于松动的严重患牙，如确已无保留价值者，应尽早拔除，这样可以①消除细菌聚集部位；②有利于邻牙的彻底治疗；③避免牙槽骨继续吸收，以利镶牙或种植牙；④避免反复发作牙周脓肿；⑤避免因患牙松动或疼痛而使该侧不敢咬东西。
7.消除危险因素
在制订治疗计划时，应针对容易导致牙周炎加重或复发的局部因素或全身性危险因素进行干预和处理，例如改正不良修复体、调整咬合、解除食物嵌塞等。对患有某些系统性疾病如糖尿病、心血管疾病等的慢性牙周炎患者，应积极治疗并控制全身病，以利牙周组织愈合。
吸烟者对牙周治疗的反应差，应戒烟。戒烟者经过彻底的牙周治疗后，将出现良好的疗效。
8.维护期的牙周支持治疗
大多数慢性牙周炎患者在经过恰当的治疗后，炎症消退、病情得到控制，但疗效的长期保持却有赖于患者坚持有效地菌斑控制，以及定期的复查、监测和必要地重复治疗，否则病情将在数周至数月内复发，治疗归于失败。复查的间隔根据病情和患者菌斑控制情况来定，治疗刚结束时应勤复查，对于病情稳定、自我维护意识强的患者，可逐渐延长间隔期。
