（一）治疗原则
积极寻找致病原因，保护胃黏膜、对抗病原体、消除肠毒素、改善症状、对症治疗、防治复发。慢性期以保守治疗为主，爆发型或内科治疗效果不佳的病例可采取外科手术治疗。
（二）中医辨证论治
1.毒热炽盛、清浊不分
湿热较重，调治失宜，湿热蕴毒，阻滞中焦，清浊不分，泄泻无度，毒热入于营血，证见高热、烦渴、尿短赤、倾泻暴注或蛋花样稀便，舌质红，脉弦数或细数。治宜燥湿清热、升清止痢。方用葛根芩连汤加减。
2.热盛阴耗、清浊不分
因患者素体阴虚，或于产后、术后气血两伤，湿热毒邪久羁，阴血耗伤。又因大泻之后多亡阴，致使阴虚之体日衰、毒热之像日著，正虚而邪实，病情危笃。下午潮热，口干欲饮或不欲饮食，颧红，五心烦热，尿短赤，舌质红，脉数。治宜养阴透热。方用青蒿鳖甲汤加减。
3.脾虚湿盛，清浊不分
素体脾虚，湿困气阻，脾虚湿盛，清浊不分。神疲懒言，食少纳呆，口渴不欲饮，腹泻，稀便频作，舌苔白，脉沉细。治宜益气健脾、渗湿止泻。方用参苓白术丸加减。
4.脾肾虚衰、阳虚欲脱
因倾泻无度，多必亡阴，阴竭则无阳依附，致使阴竭阳脱。形寒肢冷，四肢消瘦，四肢逆冷，畏寒，腹胀腹肿，脉微欲绝。治宜温中祛寒，回阳救逆。方用四逆汤和四神汤加减。
（三）西医治疗
1.内科治疗
（1）卧床休息和全身支持治疗 包括液体和电解质平衡，尤其是钾的补充，低血钾者应予纠正。同时要注意蛋白质、复方氨基酸、水溶性维生素的补充，改善全身营养状况，必要时应给予全胃肠道外营养支持，有贫血者可予输血，胃肠道摄入时应尽量避免牛奶和乳制品。
（2）病因治疗 ①抗感染药：根据细菌培养及细菌药敏试验，选用针对致病菌的抗感染药物，如氟哌酸胶囊、环丙沙星、甲硝唑、柳氮磺胺吡啶水杨酸制剂（艾迪莎、美沙拉嗪）等，或抗生素保留灌肠，如复方诺氟沙星灌肠液。②皮质类固醇：常用药为强的松或地塞米松，但目前并不认为长期激素维持可防止复发。
（3）对症治疗 ①胃肠解痉药，如阿托品、普鲁本辛、硝苯地平等；②止泻药，如复方樟脑酊、思密达、洛哌丁胺等；③肠道菌群调节药，如双歧杆菌活菌制剂、双歧三联活菌制剂、乳酸杆菌等；④增加胃肠蠕动药，如吗丁啉、西沙比利等；⑤缓解便秘药，如口服果导片、外用石蜡油、开塞露等。
2.外科治疗
有20%～30%重症慢性结肠炎患者最终需进行手术治疗
（1）手术指征 需立即进行手术的指征有：①大量、难以控制的出血；②中毒性巨结肠伴临近或明确的穿孔，或中毒性巨结肠经几小时治疗无效者；③暴发性急性慢性结肠炎经类固醇激素治疗4～5小时，症状没有改善者；④由于狭窄引致梗阻的患者；⑤怀疑或证实有结肠癌的患者；⑥难治性慢性结肠炎反复发作恶化，慢性症状持续，营养不良，虚弱，不能工作，不能参加正常社会活动和性生活者；⑦当类固醇激素剂量减少后疾病立即恶化，以致几个月甚至几年不能停止激素治疗者；⑧儿童患慢性结肠炎而影响其生长发育时；⑨严重的结肠外表现如关节炎，坏疽性脓皮病、或胆肝疾病等，手术可能对其有作用。
（2）手术选择 目前慢性结肠炎有四种手术可供选用。①结直肠全切除、回肠造口术；②结肠全切除、回直肠吻合术；③控制性回肠造口术；④结直肠全切除、回肠袋肛管吻合术。
